Einen schülerorientierten Übergang von der Grundschule zum Niklas-Luhmann-Gymnasium gewährleisten vielfältige Angebote und Maßnahmen, wie z. B. der Tag der offenen Tür, der Schnuppertag, das Kennenlernprojekt, der Teamtrainingstag zu Beginn der 5. Jahrgangsstufe oder das Methodenkonzept „Lernen lernen“. Des Weiteren unterstützt der enge Kontakt zu den Grundschulen z. B. in Form von Hospitationen der Klassenleitungsteams in den Grundschulen oder festgelegten Austauschnachmittagen zwischen Grundschullehrkräften und den Klassenleitungsteams einen sorgenfreien Wechsel zur weiterführenden Schule.
Beim Übergang von der Erprobungsstufe zur Mittelstufe wechselt in der Regel das Klassenleitungsteam. Ein protokolliertes Übergabegespräch für jede Klasse stellt an dieser Stelle sicher, dass die pädagogische Arbeit nahtlos fortgesetzt werden kann.
Der Übergang von der Mittelstufe zur Oberstufe stellt für viele Schülerinnen und Schüler eine erhebliche Veränderung dar, was das erwartete Maß an Selbstständigkeit, die gesteigerte Zahl an Unterrichtsstunden pro Woche und die Menge und Komplexität von Aufgaben und Klausuren betrifft. Aus diesem Grund bietet das Niklas-Luhmann-Gymnasium seinen Schülerinnen und Schülern zu Beginn ihrer Oberstufenlaufbahn die Möglichkeit, sich im Rahmen eines zweitägigen Seminars mit Kompetenzen wie der Reflexion des eigenen Lerntyps und der Einrichtung einer individuell idealen Lernumgebung sowie leicht anwendbaren Methoden für ein gut funktionierendes Zeitmanagement (z. B. vor Klausuren) zu beschäftigen.